農村宅基地建房超出面積的處罰方式主要包括以下幾種：
責令退還非法占用的土地并限期拆除：
根據《中華人民共和國土地管理法》第七十七條，若農村村民未經批準或采取欺騙手段騙取批準，非法占用土地建住宅，縣級以上人民政府土地行政主管部門有權責令其退還非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。征收超占部分面積的有償使用費：
另一種處罰方式是，由村委會征收超占部分面積的有償使用費。這種方式允許村民繼續(xù)使用超出的宅基地面積，但需支付相應的費用。在土地登記簿和土地權利證書記事欄內注明超過標準的面積：
土地行政主管部門還可以在土地登記簿和土地權利證書記事欄內注明超過標準的面積。這種方式并不直接處罰，但為未來可能的分戶建房、房屋拆遷、改建、翻建或政府實施規(guī)劃重新建設時，按規(guī)定面積標準重新確定使用權提供依據。待以后分戶建房或政府實施規(guī)劃時按規(guī)定處理：
在未來分戶建房或政府依法實施規(guī)劃重新建設時，對于超過標準的面積，將按規(guī)定面積標準重新確定使用權，其超過部分需退還集體?？偨Y：農村宅基地建房超出面積的處罰方式多樣，包括責令退還土地并限期拆除、征收有償使用費、在土地登記簿和土地權利證書記事欄內注明超過標準的面積，以及待以后分戶建房或政府實施規(guī)劃時按規(guī)定處理。具體處罰方式將根據當地法律法規(guī)和實際情況而定。